FC东京的前身东京燃气足球俱乐部成立于1935年。作为东京都联赛的球队，1986年升入关东联赛后，首年便取得了第四名的好成绩。1991年在全国地区联赛决赛大会中夺冠，升入JSL二部。1992年加入JFL，1993年J联赛成立时也在关注之中，1995年以后在JFL中始终保持上位。1997年天皇杯中连续击败三支J联赛球队，晋级半决赛，实现了飞跃。1998年作为JFL的最后一个赛季，终于实现了梦寐以求的首次冠军。

球队名称改为“FC东京”，并参加了J联赛第二部（J2）的比赛。1999年首次参加山崎纳维斯科杯，连续击败3支J1球队，晋级四强，佐藤由纪彦获得新英雄奖。另一方面，联赛后期虽遇困难，但最终获得第二名，成功升入J联赛第一部（J1）。

2000年升入J1联赛的赛季，在第一阶段开局取得三连胜，排名第6，第二阶段也实现了开局五连胜，最终排名第8（全年第7），掀起了“东京旋风”。翌年2001年，作为主场的东京体育场（现味之素体育馆）开业，3月10日的揭幕战中战胜了绿茵队。随后第一阶段排名第9，第二阶段排名第8（全年第8），保持中游位置，第二年便在J1联赛中确立了稳固的地位。赛季结束后，执教球队7年的大熊清教练退任，2002赛季由原博实先生接任主教练。球队以大熊前教练所建立的“坚持到底不放弃的韧性”和“始终全力以赴的精神”为基础，进入了由原新教练提出的“进攻足球”的新阶段。

2002年，主力球员接连受伤，导致第一阶段排名低迷至第10位，但在第二阶段，随着年轻球员的成长和活跃，排名提升至第5位（全年第9位），原教练所追求的进攻足球逐渐深入人心。2003年，随着加时赛的废止，球队提出了“90分钟进攻足球”的口号，第一阶段以最少失球数创下历史最佳的第4名，随后在第二阶段一直参与冠军争夺，以最多进球数排名第5。全年排名也创下历史最佳的第4名。赛季结束后，作为球队核心贡献了12年的“东京之王”Amaral离开了球队，一个时代就此落幕。

2004年，正如口号“攻激、攻剧、攻击足球”所示，球队展现出比以往更具攻击性的姿态，但由于德国世界杯预选赛和雅典奥运会派遣代表队球员等原因，战力未能齐整，J1联赛全年排名第8（第一阶段第6，第二阶段第10），成绩并不令人满意。然而，在Yamazaki Nabisco杯中，球队团结一致挺进决赛。尽管上半场有球员被罚下，但坚持了120分钟的加时赛，并在点球大战中战胜浦和Reds，赢得了梦寐以求的俱乐部首个冠军。

2005年联赛改为单阶段制。以“攻势取胜，攻势夺冠”为口号，开赛至第4轮一直位居首位，但从第5轮开始经历1场平局后遭遇7连败。最终排名第10位，赛季结束后宣布执教4年的原博实教练辞职。2006年，俱乐部迎来了首位外籍教练Alexandre GALLO，在“大胆～信任·勇气·挑战～”的口号下，尝试新的战术打法，但由于德国世界杯期间的长时间中断和不规则赛程，球队状态未能提升，8月解雇了GALLO教练。从第18轮起，委托曾任FC东京U-18教练的仓又寿雄执掌一线队，但从第20轮开始的6连败等表现不佳，最终以俱乐部历史最低的第13名结束赛季。2007年希望反弹，再次迎来原博实教练，提出“It's Our Time～青色疾风，赤色怒涛～”的口号迎战，但联赛开幕战失利后，接连败北，战况艰难。新加盟的Wanchope（前哥斯达黎加国家队成员）在第11轮前打入2球，但未能取得理想成绩，于6月底离队。整个赛季未能找到状态，J1联赛以第12名结束2007赛季。