FC東京の前身である東京ガスフットボールクラブは １９３５年に創部。東京都リーグが舞台だったチームは、 ８６年に関東リーグに昇格するといきなり４位の 好成績を収めた。９１年には、全国地域リーグ決勝大会で優勝を飾り、ＪＳＬ２部へ の昇格を果す。９２年からＪＦＬに加わり、９５年以降常に上位をキープするようになる。９７年の天皇杯ではＪリーグ勢を３連破し、準決勝に進出する大活躍を見せ、 ＪＦＬ最後のシーズンとなった９８年は、悲願の初優勝を飾った。Ｊリーグディビ ジョン２（Ｊ２リーグ）に参入して戦った９９年は初参加したヤマザキナビスコカッ プでＪ１チームを３連破し、ベスト４に進出。一方リーグ戦では終盤苦戦しながらも ２位に入り、Ｊ１昇格を決めた。

Ｊリーグディビジョン１（Ｊ１リーグ）に昇格した２０００年は、１ｓｔステージで開幕から３連勝して６位に、２ｎｄステージでも開幕5連勝を成し遂げ８位（年間７位）になるなど「東京旋風」を巻き起こし、昇格１年目のチームとしてはＪリーグ最高の成績を収めた。翌２００１年も、１ｓｔステージ９位、２ｎｄステージ ８位（年間８位）と中位をキープ、２年目にしてＪ１での確固たる地位を築く。また、シーズン終了後、７年間チームの指揮を執った大熊清監督が退任し、２００２年 シーズンより原博実氏が就任。チームは大熊前監督が築き上げた「最後まで諦めない、粘り強さ」、「常に全力発揮の精神」をベースに、原新監督が掲げる”攻撃サッカー”で、新しいステージに突入した。

２００２年は主力選手の負傷が相次ぎ１ｓｔステージは１０位と低迷したが、 ２ｎｄステージでは若手の成長・活躍もあって５位（年間９位）になるなど、原監督の目指す攻撃サッカーが徐々に浸透を見せ始めた。２００３年は延長戦廃止に伴い「９０分間、攻撃サッカー。」というスローガンを掲げ、１ｓｔステージは最少失点で過去最高の４位になると、続く２ｎｄステージでは最後まで優勝争いに絡み、最多得点で５位に。年間順位も過去最高の４位となった。シーズン終了後には、１２年間チームの中心として貢献してきた「キング・オブ・トーキョー」アマラオ選手が退団。一つの歴史が幕を閉じ、クラブはさらに高いステージに向けて動き出した。そして２００４年、スローガン「攻激、攻劇、攻撃サッカー。」の通り、より攻撃的な姿勢を打ち出したが、ドイツＷ杯予選、アテネ五輪への選手派遣、主力選手の負傷などでなかなか戦力が揃わず、リーグ戦は年間８位（１ｓｔステージ６位、２ｎｄステージ１０位）と決して満足のいく結果ではなかった。しかしヤマザキナビスコカップではチームが一丸となり決勝に進出、浦和をＰＫ戦の末勝利し、念願のクラブ初タイトルを獲得することとなった。２００５年は１リーグ制に変更、「攻めて取る。攻めて 獲る。」をスローガンにリーグ優勝を目指した。開幕ダッシュに成功して首位に立つこともあったが、怪我人が続き、５節以降は１分けをはさんで７連敗、結果的にはこれが大きく響きリーグ戦は１０位という結果に終わる。そしてシーズン終了後、４年間指揮を執った原監督が退任し、 ２００６年よりクラブ初の外国籍監督 ガーロ氏が就任。スローガン「Ｏｕｓａｄｉａ〜信頼・勇気・挑戦〜」という思いを胸に、新たな戦い方で臨んだ。しかし、途中ドイツW杯をはさむ日程の中、チームの調子は上がらず、ガーロ監督を解任。１８節以降は、U-18監督であった倉又氏に指揮をとらせるも、結局過去最低の年間１３位に終わった。２００７年は２年ぶりに原博実氏を招聘、ジュビロ磐田から福西崇史を獲得するなど大型補強を敢行した。スローガン「Ｉｔ'ｓ Our Time 〜青き疾風、赤い怒涛〜」を掲げ、開幕前は優勝候補の声もあがり、上位進出を目指すも、これまで負けたことのなかった開幕戦に敗れると、その後も黒星が先行する苦しい戦いを強いられる。後半戦でチーム初の４連勝を飾ることもあったが、シーズンを通して下位に低迷し、１２位でシーズンを終える。

J参入10周年を迎えた２００８年、新たに城福浩監督のもと「Moving Football〜ボールも・身体も・観ている人の心も〜」をスローガンに、チームの右肩上がりの成長を目指しシーズンに突入した。リーグ前半戦は順調に勝ち点を積み上げ、5月の中断期間前には3位で折り返す。しかし再開後は勝ちきれない試合が続き一時順位を落とし、5連勝で再び優勝争いに加わるも、順位は6位で終了。また天皇杯では、FC東京となって初の準決勝に進出。敗れはしたものの着実にチームのレベルアップを感じられるシーズンとなった。そして２００９年、スローガン「Moving Football〜観ている人の心を動かせ」を掲げ、最後まで優勝争いをするという強い思いで臨むも、開幕戦に敗れてからは思い通りに勝ち点を挙げられず、序盤は苦しい戦いが続いた。しかし石川直宏が得点を量産し始めるのと同時にチームは生き返り、終盤から上位進出を果たす。最後までACL出場権をめざして戦うも順位は5位に終わった。一方でヤマザキナビスコカップは新人米本拓司の目覚しい活躍もあり、5年ぶりに決勝に進出。川崎の猛反撃にも耐え、着実に得点を重ね勝利、クラブに2つ目のタイトルをもたらした。またシーズンを最後に、東京ガスFCから生え抜きの藤山竜仁、浅利悟がそれぞれ退団、引退することとなり、新時代への幕開けとなるシーズンでもあった。